Диагностику непосредственно фазика нашел только со снятием.
"Закрепите фазорегулятор распределительного вала в тисках с мягкими губками.
Механически заблокируйте фазорегулятор распределительного вала поворотом влево или вправо с помощью торцевого ключа.
Убедитесь, что фазорегулятор распределительного вала надежно зафиксирован (ступицу нельзя повернуть относительного зубчатого венца влево или вправо).
Если венец фазорегулятора поворачивается относительно ступицы, фазорегулятор распределительного вала неисправен и подлежит замене."
По поводу проверки фаз Clip'ом - в деталях не скажу, я не диагност, на руках прибора нет. Самый простой вариант - перевести его в режим осциллографа (но это нужно иметь доп блок, я так понял он не во всех комплектациях клипа) и смотреть сигнал с датчика положения распредвала, он не должен давать импульсы с переменной частотой на установившихся оборотах. Вообще угол поворота распредвала должен отображаться в таблице параметров, если выбрать на Clipe "Свободный режим по характеристикам" "Состояния и параметры" - не могу найти какой именно номер параметра PR смотреть, но там листнуть таблицу можно, они подписаны.
Самоучитель по Clip доступен тут
http://manualforauto.ru/news/2010-12-16-4292
либо через torrent например тут
http://asmlocator.ru/viewtopic.php?t=3720
локализация адовая у программы, но более-менее понять можно.
ЗЫ Датчик положения распредвала проверялся кстати?